Un segundo factor que contribuye a la inmunodeficiencia en los pacientes con el VIH es la supresión inmune debida al estado de activación inmunológica generalizada observada cuando existe un pobre control de la infección. La activación inmune potencia la replicación del VIH, lo que a su vez potencia la activación del sistema inmune. El desarrollo de respuestas inmunes normales está alterado por este fenómeno el cual a su vez puede alterar la adecuada expansión de clonas de células T cooperadoras antígeno específicas. También es probable que algunos productos virales, en particular las proteínas de envoltura, puedan interferir directamente con las funciones inmunes normales.
Se ha demostrado que tanto los linfocitos CD4 como CD8 expresan en su superficie moléculas HLA clase II - HLA-DR - y CD38 como marcadores de activación de éstas células. Entre la población de células CD4 son las de memoria las que mayormente expresan este marcador, y su activación inapropiada contribuye a la pérdida funcional. Las células CD8 también expresan la molécula CD38 y estudios recientes demuestran que los altos niveles de este marcador de activación son un predictor poderoso de progresión de la infección, independiente del número de células CD4 e inclusive de los niveles de viremia ó carga viral. Se ha documentado que la expresión de CD38 se correlaciona con la susceptibilidad de los linfocitos a la muerte celular programada ó apoptósis. También existen evidencias de activación de los macrófagos, con elevación de los niveles de citocinas proinflamatorias producidas por éstas células, como el Factor de Necrosis Tumoral alfa (FNT-a ) e interleucina 6 (IL-6). Todo lo anterior evidencia que la infección por VIH se asocia con una profunda alteración de la homeostasis inmune que se traduce en una desregulación de los mecanismos inmunológicos normales.
